Podczas codziennego używania wystarczy po zakończonej pracy, by odświeżyć misę Thermomixa, warto wlać do niego kilka kropel płynu do mycia naczyń i odrobinę wody, oraz kilka razy włączyć sprzęt. Po wszystkim należy jedynie wypłukać misę pod bieżącą wodą, a nasze naczynie będzie jak nowe.
Jednak gdy zostawimy nasz sprzęt po użyciu na dłużej, lub coś się w środku przypali, i pojawi się niechciany zapach musimy sięgnąć po inne sposoby, dzięki którym będziemy cieszyć się czystym Thermomixem.
Całe urządzenie wraz ze wszystkimi akcesoriami można myć w zmywarce. By umyć Thermomixa w zmywarce, naczynie miksujące należy rozkręcić, a po wyciagnięciu ze zmywarki dokładnie osuszyć, przy czym szczególną uwagę należy zwrócić na styki na dole naczynia.
Thermomix ułatwia codzienne gotowanie jednak, nawet w nim może zdarzyć się przypalenie, by pozbyć się przypalonych śladów w pierwszej kolejności należy wstępnie umyć naczynie a następnie na przypalone elementy nałożyć papkę z sody oczyszczonej i octu. Miksturę tę należy zostawić na kilka-kilkanaście minut, po czym delikatnie zetrzeć i spłukać. Soda oczyszczona wraz z octem powinna skutecznie poradzić sobie z przypalonym jedzeniem w misie Thermomixa.
By wyeliminować niechciane zapachy, szczególnie z pokrywy Thermomixa, ponownie należy wykorzystać sodę, tym razem wymieszaną z odrobiną wody. Tak przygotowaną pastę należy nałożyć na pokrywę i spłukać po kilkunastu minutach.